A császár kegyetlen intézkedései ellenére az elégedetlenséget most már nem lehetett elfojtani. Sokan elmenekültek otthonaikból, és a felkelők tagjai lettek. Ők voltak a bujdosók. Számuk egyre nőtt. 1678-ban egy felvidéki nagyúr, Thököly Imre állt az élükre. A felkelőket később kurucoknak kezdték nevezni. Nevük a krux, azaz kereszt szóból ered, de koborlót, bújdosót is jelentett. Thököly 1678-ban már Felső-Magyarország jelentős részét birtokolta. Eredményeit részben a szultán támogatásával érte el. Négy év múlva, tehát 1682-ben a török királlyá nyilvánította. Ebben az évben feleségül vette Zrínyi Ilonát, I. Rákóczi Ferenc özvegyét. 1684-től sorozatos vereségek érték a kurucokat. Végül az addig szövetséges törökök fogták el. Életének hátralévő részét török száműzetésben élte le.

Zrínyi Ilona

1686-ban már csak egyetlen vár maradt a magyarok kezén. Ez Munkács vára volt, amelyet Zrínyi Ilona védett. A császári hadak csak két év múlva tudták elfoglalni a várat. Amikor az ellenállást értelmetlennek látta Zrínyi Ilona, átadta a munkácsi várat a császárnak. Az ostrom alatt vele volt az akkor 10 éves fia, a későbbi fejedelem, II. Rákóczi Ferenc. Neki majd történelmünkben kiemelkedő szerepe lesz.